牲畜集中養(yǎng)殖時(shí)的糞便污水都滲入了地下或流入河川，造成飲用水被亞硝酸鹽所污染，進(jìn)一步造成飲用者身體的傷害與嬰兒猝死的悲劇。飲用了被亞硝酸鹽所污染的水，會(huì)造成人體在健康上的極大威脅。亞硝酸鹽與血紅素的結(jié)構(gòu)相似，其與血紅素競(jìng)爭(zhēng)的結(jié)果，造成血液攜氧量降低，而孕婦因?yàn)槿毖?，往往?dǎo)致胎兒罹患藍(lán)嬰癥、使胎兒腦部受到傷害。亞硝酸鹽亦會(huì)透過哺乳進(jìn)入嬰兒體內(nèi)，危及胎兒健康。

畜牧業(yè)是高污染、高耗能（大量消耗水源糧食）行業(yè)，除了洗滌動(dòng)物糞便的水之外，還包括畜牧業(yè)的其它用水。以美國的畜牧業(yè)為例，在美國大多數(shù)谷物不是給人吃的，有80%的玉米、90%的黃豆和麥子都被做成飼料喂養(yǎng)牲畜，也就是說，需要大量灌溉用水種植谷物，喂養(yǎng)牲畜。再加上農(nóng)戶使用過量的殺蟲劑、化肥與除草劑，這些都直接或間接的造成大規(guī)模水源污染。

在豬糞、雞糞當(dāng)中的細(xì)菌約有30－40%，對(duì)22種抗生素出現(xiàn)抗藥性，這是一個(gè)很可怕的數(shù)字，也就是說這些細(xì)菌要是在人畜之間共同感染，屆時(shí)被感染的人將面臨用藥無效、無藥可施的窘境。另外這些殘留在肉品當(dāng)中的抗生素，也會(huì)破壞人體腸道內(nèi)有益菌種的生態(tài)，造成消化不良。長(zhǎng)期食用更造成貧血、癌變等危險(xiǎn)。

這是一把雙刃劍，豬糞多的時(shí)候污染河流，地表水，水里面魚因?yàn)榈缀图S濃度過高，魚直接死絕，同樣過多豬糞污染地面，土質(zhì)過于肥沃或者糞里病原、重金屬超標(biāo)直接破壞地表的正常循環(huán)；當(dāng)然豬糞經(jīng)過壓榨，糞池沉淀，金屬分離，是完全可變成好的有機(jī)肥.

動(dòng)物糞便(包括人類的)都是很好的有機(jī)肥，在自然界中能很好地找到喜歡它們的動(dòng)植物。動(dòng)物糞便對(duì)大自然來說是有機(jī)循環(huán)中不可或缺的一部分。

人們對(duì)糞便的集中處理主要在除臭和脫水，這二步完成后便變成了植物很好的有機(jī)肥。